Vợ ông là một hoa khôi khi 17 tuổi vùng Vĩnh Yên, Vĩnh Phú. Họ sống với nhau 20 năm, có 11 người con. Tháng 12 năm 1969, vợ ông bị đột tử khi mới 46 tuổi. An táng cho vợ xong, ông đóng cửa nửa tháng để viết hồi ký Nhớ thương rất cảm động.

Từ đó, ở tuổi 55, ông một mình nuôi con cho đến ngày nhắm mắt ở tuổi 96.

Nhà văn Toan Ánh đã trút hơi thở cuối cùng lúc 23g50 ngày 14 ngày 5 năm 2009, sau hơn mười ngày nằm bệnh tại Bệnh viện Nhân dân Gia Định. Linh cữu nhà văn Toan Ánh, sau khi quàn ở nhà riêng tại 20/302C Phan Huy Ích, P.12, Q.Gò Vấp, Thành phố Hồ Chí Minh, đã được đưa đi hỏa táng tại nghĩa trang Bình Hưng Hòa.